В данном случае имеется в виду не просто программа сотрудничества, а компьютерная программа (если это можно так назвать, поскольку это, вобщем-то, не совсем программа), которая позволяет интернавтам участвовать в каких-либо процессах (торговых или иных) с других сайтов. Иными словами, участник программы аффилиации размещает на своем сайте баннер другой фирмы (чаще всего), линк, формы для заполнения или что-либо.

Вот несколько ссылок, из которых все становится ясно:

program afiliacyjny umoїliwiaj±cy internautom skіadanie zapytaс ofertowych z poziomu innych serwisуw
http://www.transportal.bigg.pl/html/sections.php?op=printpag...

В таких правилах оговариваются требования к договорам о присоединении станций к сетям (договоры об аффилиации — affiliation agreements), регулирующим, в частности, взаимные права и обязанности сети и станции.
http://www.medialaw.ru/publications/books/wb-lic/4/14.html
(Это несколько об ином, но вобщем все о том же)

...в самом низу нажмите на сылку affiliation program. Скопируйте себе на диск понравившийся баннер, нажмите на сылку sign up, регистрируйтесь, и после регистрации получите код html, где сможете поставить себе на сайт их баннер, и получить пару сотен долларов в месяц...
http://www.fortunecity.com/business/nicholas/1031/

... если вы новичок в аффилиации, то Click2Net для ... в месяц.
Реферал-программа: каждый веб-мастер ...